Şüpheli Vakalarda Corona Virüs Hastalığı (COVID-19) İçin Laboratuvar Testi

Şüpheli Corona Virüs Hastalığı (COVID-19) Vaka Tanımına Uyanlar İçin Laboratuvar Testi İlkeleri

COVID 19 için laboratuvar testi kararı klinik ve epidemiyolojik faktörlere dayanmalı ve enfeksiyon olasılığının değerlendirilmesiyle bağlantılı olmalıdır. COVID-19 vakası ile temas etmiş olan bireylerin değerlendirilmesinde asemptomatik veya hafif semptomatik temaslarda PCR testi düşünülebilir.
İzleme protokolleri yerel duruma uyarlanmalıdır. Vaka tanımları, yeni bilgiler elde edildikçe düzenli olarak gözden geçirilmekte ve güncellenmektedir. DSÖ'den şüphelenilen vaka tanımı için bakınız: Corona virüs hastalığı olan insan enfeksiyonu için Küresel Gözetim (COVID-2019). COVID-19 için şüphelenilen vaka tanımını karşılayan hastalardan hızlıca numune alınması ve test edilmesi klinik yönetim ve salgın kontrolü için bir önceliktir ve bir laboratuvar uzmanı tarafından yönlendirilmelidir.
Şüpheli vakalar, RT-PCR gibi nükleik asit amplifikasyon testleri (NAAT) ile virüs açısından taranmalıdır.
COVID-19 için test henüz ulusal olarak mevcut değilse, örnekler yönlendirilmelidir. COVID-19 için doğrulayıcı test ve sevkiyat talimatları sağlayan DSÖ referans laboratuvarlarının bir listesi mevcuttur.

Vaka yönetimi gerekiyorsa, hastalar toplum kökenli pnömoni için yerel yönetim kılavuzlarında önerildiği gibi rutin laboratuvar prosedürleri kullanılarak diğer solunum yolu patojenleri için test edilmelidir.
Ek testler COVID-19 testini geciktirmemelidir. Koenfeksiyonlar meydana gelebileceğinden, şüpheli vaka tanımını karşılayan tüm hastalar, başka bir solunum yolu patojeninin bulunup bulunmadığına bakılmaksızın COVID-19 virüsü açısından test edilmelidir. Wuhan'da yapılan erken bir çalışmada, COVID-19 için ortalama kuluçka süresi 425 vaka arasında 5.2 gündü, ancak bireyler arasında büyük farklılıklar göstermektedir.
Virüsün bulaşma şekli henüz tam olarak anlaşılamamıştır ve en uygun şekilde  numune toplama hakkında bilgi vermek için virüsün bulaşma zamanını, yayılmasını ve miktarını daha iyi anlamak için daha fazla araştırmaya ihtiyaç vardır.
Solunum numuneleri en yüksek verime sahip olmasına rağmen, virüs dışkı ve kan da dahil olmak üzere diğer örneklerde tespit edilebilir. Numune toplama, test etme ve potansiyel olarak gelecekteki araştırmalar için bilgilendirilmiş onam ile ilgili yerel kurallara uyulmalıdır.

Corona Virüs Hastalığı (COVID-19) Testi Numune Toplanma Ve Taşınması

Örnek toplama sırasında güvenlik prosedürleri  Yeterli standart yürütme prosedürlerinin (SOPs) kullanımda olduğundan ve personelin uygun numune toplama, saklama, paketleme ve taşıma konusunda eğitildiğinden emin olun.
Laboratuvar incelemeleri için toplanan tüm örnekler potansiyel olarak bulaşıcı olarak kabul edilmelidir.  Örnekleri toplayan sağlık çalışanlarının enfeksiyon önleme ve kontrol kurallarına titizlikle uyduğundan emin olun. Belirli DSÖ geçici rehberleri yayınlandı.

1. Laboratuvarda Biyogüvenlik Uygulamaları

Şüpheli vaka tanımını karşılayan hastalardan alınan klinik örneklerin test edilmesi, ilgili teknik ve güvenlik prosedürleri konusunda eğitilmiş personel tarafından uygun şekilde donatılmış laboratuvarlarda yapılmalıdır.
Her koşulda laboratuvar biyogüvenliği ile ilgili ulusal kılavuzlara uyulmalıdır. COVID-19'un maruz kaldığı risk hakkında hala sınırlı bilgi vardır, ancak tüm prosedürler risk değerlendirmesine dayanarak gerçekleştirilmelidir.
Moleküler test için numune işleme, BSL-2 veya eşdeğer tesisler gerektirir. Virüs kültürü girişimleri en az BSL-3 tesisleri gerektirir.  COVID-19 risk değerlendirmesi ile ilgili daha fazla bilgi için bkz.: DSÖ 2019nCov ile ilgili biyogüvenlik laboratuvar için geçici rehberlik.  Çocuk felci için potansiyel olarak enfeksiyöz materyaller (PIM) olan numunelerin, poliovirüsler için potansiyel olarak enfeksiyöz olan materyalleri toplama, taşıma veya depolama tesisleri için riskleri en aza indirmek amacıyla DSÖ belgesindeki rehberde açıklandığı gibi kullanılması ve saklanması gerekir.

Corona Virüs Hastalığı (COVID-19) Testi İçin Toplanan Numuneler Nelerdir?

Tanı için solunum materyali toplanmalıdır:

Üst solunum örnekleri: Hastalarda nazofaringeal ve orofaringeal sürüntü veya yıkama  örnekleri alınması.

Alt solunum yolu örnekleri: daha şiddetli solunum hastalığı olan hastalarda balgam (varsa) ve/veya endotrakeal aspirat veya bronkoalveoler lavaj. (Yüksek aerosolizasyon riskine dikkat edin; enfeksiyon önleme ve kontrol prosedürlerine kesinlikle uyun).

SARS ve MERS'den sorumlu corona virüslerde olduğu gibi kan ve dışkıda COVID-19 virüsü tespit edildiğinden ek örnekler toplanabilir. COVID-19 virüsünün dışkıda ve potansiyel olarak idrarda bulaşma süresi ve sıklığı bilinmemektedir. Ölen hastalarda, akciğer dokusu da dahil olmak üzere otopsi materyalini  göz önünde bulundurun. Hayatta kalan hastalarda, eşleştirilmiş serum (akut ve iyileşme) serolojik tahliller mevcut hale geldikçe vakaları retrospektif olarak tanımlamak için yararlı olabilir. Asemptomatik bireylerin testi de dahil olmak üzere toplanacak materyallerle ilgili diğer öneriler Tablo 1'de bulunabilir.

Klinik Örneklerin Alınması ve Taşınması

Virüs tespiti için numuneler toplandıktan sonra mümkün olan en kısa sürede laboratuvara ulaşmalıdır. Numune taşınması sırasında numunelerin doğru şekilde kullanılması esastır. Laboratuvara derhal teslim edilebilen numuneler 2-8°C'de saklanabilir ve sevk edilebilir. l
Laboratuvara ulaşan numunelerde gecikme olması muhtemel olduğunda, viral nakil ortamının kullanılması şiddetle tavsiye edilir. Numuneler - 20°C'ye veya ideal olarak -70°C'ye kadar dondurulabilir ve daha fazla gecikmeler bekleniyorsa kuru buz üzerinde sevk edilebilir (bkz.Tablo 2). Örneklerin tekrar tekrar dondurulmasını ve çözülmesini önlemek önemlidir.

Örneklerin ulusal sınırlar içinde taşınması, geçerli ulusal düzenlemelere uygun olmalıdır. Potansiyel olarak COVID-19 virüsü içeren örneklerin uluslararası nakliyesi, BM Model Düzenlemelerine ve kullanılan taşıma şekline bağlı olarak geçerli diğer düzenlemelere uymalıdır. Daha fazla bilgi için DSÖ 2019-2020 Bulaşıcı Maddelerin Taşınması Hakkında Yönetmelik ve corona virüs hastalığına ilişkin laboratuvar biyogüvenliği için DSÖ geçici kılavuzuna bakınız. 

Laboratuvar ile iyi iletişim kurun ve gerekli bilgileri sağlayın.

Numune göndermeden önce laboratuvarı uyarmak, numunelerin doğru ve zamanında işlenmesini ve zamanında raporlanmasını sağlar. Örnekler doğru bir şekilde etiketlenmeli ve bir teşhis talep formu (Ek I'de verilen şablon) ile birlikte verilmelidir.

COVID-19 Virüsü İçin Laboratuvar Testi

COVID-19 virüsü için test yapan laboratuvarlar, uygun biyogüvenlik uygulamalarına sıkı sıkıya bağlı kalmalıdır.

COVID-19 Virüsü İçin Nükleik Asit Amplifikasyon Testleri (NAAT)

COVID-19 vakalarının rutin teyidi, gerektiğinde nükleik asit dizilimi ile teyit ile gerçek zamanlı ters transkripsiyon polimeraz zincir reaksiyonu (rRT-PCR) gibi NAAT tarafından benzersiz virüs RNA dizilerinin saptanmasına dayanır.
Şimdiye kadar hedeflenen viral genler N, E, S ve RdRP genlerini içerir. Kullanılan protokol örnekleri burada bulunabilir. RNA ekstraksiyonu, bir BSL-2 veya eşdeğer bir tesiste biyogüvenlik kabininde yapılmalıdır. RNA ekstraksiyonundan önce örneklerin ısıl işlemi önerilmez.

Bilinen COVID-19 virüs dolaşımı olmayan bölgelerde NAAT vakalarının laboratuvar onayı.

COVID-19 virüs dolaşımı olmayan bir alanda NAAT tarafından laboratuvar onaylı bir vakayı değerlendirmek için aşağıdaki koşullardan birinin karşılanması gerekir:

COVID-19 virüs genomundaki en az iki farklı hedef için pozitif bir NAAT sonucu olup, bunların en az bir hedefi tercihen onaylanmış bir analiz kullanılarak COVID-19 virüsünü ortaya çıkarır (şu anda insan nüfusunda başka SARS benzeri corona virüsler dolaşmamaktadır, COVID-19 veya SARS benzeri corona virüsün spesifik olup olmadığı tartışılabilir); ya da

Betacoronavirüs ve COVID-19 virüsünün varlığı için bir pozitif NAAT sonucu, dizi hedefi kullanılan NAAT tahlilinde problanan amplikondan daha büyük veya farklı olduğu sürece virüsün kısmi veya tam genomunun sıralanmasıyla tanımlanır.

Tutarsız sonuçlar olduğunda, hasta tekrar örnek alınmalı ve uygunsa, güvenilir bir şekilde sağlanması için virüsün orijinal örnekten veya uygun bir NAAT tahlilinden üretilen bir amplikondan, başlangıçta kullanılan NAAT tahlilinden farklı sıralanması sağlanmalıdır.  Laboratuvarlar, uluslararası bir referans laboratuvarında şaşırtıcı sonuçların doğrulanmasını talep etmeye çağrılır.

NAAT tarafından kurulan COVID-19 virüs dolaşımına sahip bölgelerde laboratuvar tarafından onaylanmış vaka.

COVID-19 virüsünün yaygın olduğu alanlarda, örneğin, tek bir ayırıcı hedefin rRT-PCR ile taramasının yeterli olduğu daha basit bir algoritma benimsenebilir.

Bir veya daha fazla olumsuz sonuç, COVID-19 virüs enfeksiyonu olasılığını yok etmez. Birkaç faktör, enfekte bir bireyde olumsuz sonuca yol açabilir:

Az hasta materyali içeren numunenin kalitesizliği (kontrol olarak, PCR testine canlı hedefi dahil ederek numunede yeterli insan DNA'sının olup olmadığını belirlemeyi göz önünde bulundurun). örnek bulaştıktan kısa bir süre sonra veya geç alındı. Numune uygun şekilde ele alınmadı ve hemen sevk edilmedi.

Testte bulunan teknik nedenler, örneğin virüs mutasyonu veya PCR inhibisyonu.

COVID-19 virüs enfeksiyonu şüphesi yüksek olan bir hastadan, özellikle sadece üst solunum yolu numuneleri alındığında, negatif bir sonuç elde edilirse, mümkünse alt solunum yolundan dahil olmak üzere ek örnekler toplanmalı ve test edilmelidir.

Her NAAT çalışması hem harici hem de dahili kontrolleri içermelidir ve laboratuvarlar kullanılabilir olduklarında harici kalite değerlendirme programlarına katılmaya teşvik edilir. Ayrıca, kendi primerlerini ve problarını sipariş eden laboratuvarlara, işlevsellik ve potansiyel kirletici maddeler üzerinde giriş testi/doğrulama yapmaları önerilir.

Corona Virüs Hastalığı (COVID-19) İçin Serolojik Testler

Serolojik araştırmalar, devam eden bir salgının araştırılmasına ve bir salgının saldırı oranının veya kapsamının retrospektif değerlendirmesine yardımcı olabilir.
NAAT tahlillerinin negatif olduğu ve COVID-19 enfeksiyonuyla güçlü bir epidemiyolojik bağlantı olduğu durumlarda, eşleştirilmiş serum örnekleri (akut ve iyileşme aşamasında) doğrulanmış seroloji testleri mevcut olduğunda tanıyı destekleyebilir. Serum örnekleri bu amaçla saklanabilir.  Diğer corona virüslere çapraz reaktivite zor olabilir, ancak ticari ve ticari olmayan serolojik testler şu anda geliştirilmektedir.
Klinik örnekler üzerine COVID-19 serolojik verileri olan bazı çalışmalar yayınlanmıştır. Viral sıralama virüsün varlığının doğrulanmasını sağlamanın yanı sıra, klinik vakalardan örneklerin bir yüzdesinin düzenli olarak sıralanması, tanı testleri de dahil olmak üzere tıbbi karşı önlemlerin performansını etkileyebilecek viral genom mutasyonlarını izlemek için yararlı olabilir.
Virüs tüm genom dizilimi moleküler epidemiyoloji çalışmalarını da bilgilendirebilir. Gönderen tarafın haklarını korumayı amaçlayan GISAID de dahil olmak üzere, genetik dizi verilerinin biriktirilmesi için birçok kamuya açık veri tabanı mevcuttur.

Viral Kültür

Virüs izolasyonu rutin bir tanı prosedürü olarak önerilmez.

Vakaların Ve Covid 19 Test Sonuçlarının Raporlanması 

Laboratuvarlar ulusal raporlama gereksinimlerini takip etmelidir. Genel olarak, olumlu veya olumsuz tüm test sonuçları derhal ulusal makamlara bildirilmelidir. IHR Taraflarına, IHR'nin Ek 1'deki karar aracını (2005) kullanarak DSÖ'ye bildirdikleri olaylar için DSÖ ile ilgili halk sağlığı bilgilerini paylaşma yükümlülükleri hatırlatılır.

COVID-19 virüsünün daha iyi tespit edilmesine yönelik araştırmalar.

Virüs ve hastalığın birçok yönü hala anlaşılamamıştır. Durumu daha iyi anlamak kılavuzu geliştirmek için yararlı olacaktır.
Örneğin: Viral dinamikler: moleküler test için numuneye en uygun zamanlama ve klinik materyal türü.

İmmünolojik yanıtın dinamiği

Çeşitli popülasyonlarda hastalık şiddeti, örneğin yaşa göre.

Viral konsantrasyon ve hastalık şiddeti arasındaki ilişki.

Bulaşma süresi ve klinik tablo ile ilişkisi (örneğin klinik iyileşme viral arınma ile oluşur veya bulaşma klinik iyileşmeye rağmen devam eder).

Faydalı serolojik deneylerin geliştirilmesi ve doğrulanması.

Mevcut moleküler ve serolojik deneylerin karşılaştırmalı çalışmaları.

Moleküler testlerin performansını etkileyebilecek mutasyonları izlemek için sıralama gerektiren pozitif vakaların ideal yüzdesi.

DSÖ, COVID-19 salgınını daha iyi anlamak ve böylece yönetmek ve  önlemler geliştirmek için veri paylaşımını teşvik eder.

Tablo 1. Semptomatik hastalardan ve temaslardan toplanacak örnekler

Tablo 2. Numune toplama ve depolama

Viral tespit için örneklerin taşınması için antifungal ve antibiyotik takviyeleri içeren viral taşıma ortamını (VTM) kullanın. Numunelerin tekrar tekrar dondurulmasından ve çözülmesinden kaçının. VTM mevcut değilse, bunun yerine steril salin kullanılabilir (bu durumda, 2-8 °C'de numune saklama süresi yukarıda belirtilenlerden farklı olabilir).

Tabloda belirtilen özel toplama malzemelerinin yanı sıra, diğer malzemelerin ve ekipmanların da mevcut olduğundan emin olun: ör. taşıma kapları ve örnek toplama torbaları ve ambalajları, soğutucular ve soğuk paketler veya kuru buz, steril kan alma ekipmanı (örn. iğneler, şırıngalar ve tüpler), etiketler ve kalıcı kalemler, PPE, yüzeylerin temizlenmesi için malzemeler, vb.

Kaynak: https://apps.who.int/iris/handle/10665/331329

Bu konuya dair bir sorunuz varsa siz de uzmanlarımıza 7/24 Soru sorabilirsiniz.Soru sormak için tıklayın.