Balgam veya alt solunum yolundan alınan örneklerin,boyanma sonrası mikroskopik incelemesi tanıda yardımcıdır.
Hasta balgam çıkaramayabilir; önceden antibiyotik kullanım öyküsü balgamın tanı değerini azaltır.
Balgam örneği bol su ile ağız temizliği ve gargara yapıldıktan sonra alınmalıdır.
Elde edilen balgam örneği bekletilmeden incelenmelidir. incelenmeye elverişli bir örnek olabilmesi için, balgamın mikroskopisinde küçük büyütmeli objektifle (10x) görülen yassı epitel hücre sayısının 10’dan az olması gerekir. 
Polimorfonükleer lökosit (PNL) sayısı 25’in üzerinde ise bu örneğin alt solunum yollarını temsil eden kaliteli bir balgam örneği olduğu kabul edilir.
Kaliteli bir balgamın Gram boyamasında, tüm alanlarda Gram-pozitif diplokokların veya Gram-negatif çomakların ağır basması ve özellikle bu bakterilere, PNL sitoplazmaları içerisinde de rastlanması, uygun klinik tablosu olan bir hastada pnömokoksik pnömoni veya Gram-negatif çomak pnömonisi tanısını önemli ölçüde destekler
Balgam örneğinde bol PNL varlığına karşın mikroorganizma görülmemesi, M. pneumoniae, C. pneumoniae, solunum yolu virüsleri ve Legionella türleri gibi Gram yöntemiyle boyanmayan patojenleri düşündürür.